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最新 | 中大连遭质疑论文作者逐一回应质疑点:质疑者未正确了解科学问题!

2022-01-10
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艾思科蓝.gif


近日,PubPeer上两名学者对中山大学生命科学学院崔隽教授和Rong-Fu Wang合作研究发表在Nature Communications上论文内容提出了一些质疑。作者对Western Blot图片问题作出了回应,但对于其他三个质疑点未做回复。


艾思科蓝对此进行了报道:中山大学论文连遭质疑?论文一作仅对图片造假回应(点击即可跳转)


崔隽教授治学严谨、对科学问题高度重视,看到相关问题报道后,第一时间联系到编辑部,对在PubPeer上未回复的三点质疑进行了详尽的阐述,并在PubPeer上同步更新了回复。


微信图片_20220110092528.jpg

PubPeer部分作者回复,完整回复请参考PubPeer官网



作者回复:


致尊敬的编辑一封信


尊敬的编辑:


    您好!
    非常抱歉打扰您,占用您宝贵的时间。我们希望对于贵单位发布的关于有学者对我们2017年发表在Nature Communications上NLRP11相关工作产生疑问的文章进行解释和澄清。

    Pubpeer是一个开放讨论科学问题的网站,一直以来,我们也会关注相关信息,与业界同行进行讨论。当出现质疑,如果发表的论文确实存在图片等编辑错误,我们会及时回复并订正论文。但是对于因提问者未能仔细阅读论文、理解不到位而产生的问题,我们之前并未考虑回复,也因此,让部分读者和同行对此产生了质疑,我们深表抱歉。现对相关疑惑解释和澄清如下,敬请垂阅:




    一、针对问题1:在EMBO Reports的文章中,我们发现NLRP11在病毒感染后通过MAVS降解TRAF6,在Nature Communications杂志的文章中,我们证明了NLRP11在LPS刺激(模拟细菌感染)后招募RNF19A降解TRAF6。


    首先,在Nature Communications杂志发表的文章中,我们并没有检测MAVS是否参与调控LPS刺激下TRAF6的降解,全文也没有得出过在LPS刺激下NLRP11诱导TRAF6降解不依赖MAVS这个结论,因此,质疑者总结的问题并不存在。

    其次,这两项工作证明了NLRP11在两种不同信号通路中的不同功能。在这两个工作的研究环境里,施加的刺激因子不同,相关的两条信号通路不同,其调控的受体和适配器蛋白也不同:与病毒RNA结合后,RIG-I与MAVS相互作用,并招募TRAF3和TRAF6形成一个大的信号复合物,进而激活下游信号通路。然而,在LPS刺激后,受体蛋白TLR4与IRAK家族结合,并招募TRAF6激活下游信号通路,这一过程有大量文献报道是不需要MAVS参与的。

    因此,由于MAVS主要参与RLR信号通路,不参与TLR信号通路,在病毒感染激活RLR后,NLRP11通过MAVS降解TRAF6是合理的,而在LPS处理下,NLRP11可能通过其它接头蛋白帮助定位和靶向降解TRAF6。在免疫学中有许多例子表明,一种蛋白质可以通过靶向不同的信号复合物和分子靶点而具有多种功能,因此相关的质疑是没有科学依据的。


    二、针对问题2:图2b和图3a使用了不同的对照细胞

    我们在图2b中构建了基因稳定表达的THP-1细胞系(插入对照载体或NLRP11慢病毒载体,之后用药物筛选),而在图3a中是直接将对照siRNA和NLRP11 siRNA瞬时转染到THP-1细胞中,之后再进行LPS刺激。

    因此,不同的实验组应该与自己的对照组进行比较。由于细胞和具体实验环境的不同(在siRNA干扰试验中,需要先加入siRNA的细胞至少培养24 h后,才能加刺激;而构建好的细胞可以直接加刺激),细胞对LPS的敏感性可能存在差异,相关信号蛋白激活的模式可能有一定的时间延迟,但是基本的激活模式是类似的,因此相关质疑不能成立


    三、针对问题3:如果质疑者认真阅读文章,就应该知道,在我们的论文中,我们多次表明LPS处理不会显著促进WT细胞中TRAF6的降(Fig 4e,f,g, Fig 5b,d,e),TRAF6的显著降解只发生在NLRP11过表达的细胞中(这和他们提出的质疑相反)。

    在图5i中,我们通过富集LPS处理后WT和NLRP11 KO细胞内的内源TRAF6(这里是pulldown下来的TRAF6,不是WCL里的TRAF6),检测其泛素化。从我们的数据中可以发现,尽管我们在NLRP11敲除的THP-1细胞中富集了更多TRAF6,但是它们的泛素化更弱,这也是我们通过此实验想要阐明的观点:NLRP11促进TRAF6的泛素化。


    四、针对问题4:该问题已经在Pubpeer回复过


    Fig 6f由于制图时的切割错误,左右两侧用于电泳平衡的多余样本的β-actin没有被切掉。我们在Sup Fig11里提供了所有WB的原始图,可以看出该条带和HA/Flag是电泳后同一张膜上获得的。


    此外,由于NLRP11的分子量相对较大,且内源的NLRP11信号较弱,我们往往用8%的分离胶单独跑(其他相对小的蛋白用10%的胶跑),并用更长的时间转膜,提高信号的分辨率,因此相应的条带不是来源于同一块胶(但是来源于同一批蛋白样本),这是科学实验中的合理操作。


    关于图像质量问题,我们使用Bio-rad ChemiDoc仪器收集了所有图像文件,包括原始的scn文件和导出的tiff等文件。每个WB我们会采集不同曝光时间的图,当信号较强的时候,背景往往由于机器自动调整对比度,而变的很弱(这时候导出的图像文件背景就会很弱)。


    此外,在组合图和生成pdf文件的过程中,可能导致图像分辨率下降,造成背景很弱的问题。目前有很多针对图像的质疑往往会没有根据的抓住这点攻击,我们可以提供所有WB结果的原始scn文件作为证据。


    以上是我们对所有问题的回复及解释,目前已同步在Pubpeer上回复。学术问题可以质疑,也鼓励讨论,真理越辩才能越明。但科研工作者的时间有限,难以时时刻刻准备回答网上的各类问题。在此,我们向各界诚挚地建议,在发现学术论文存在争议或质疑的时候,建议能够先和通讯作者电邮联系讨论,这样可以更好地明确和讨论科学问题,避免误伤。因为网络上存在大量的误解和信息不对等性,很容易对一线勤奋工作的科研工作者带来伤害。


    在此,我们再次表示对艾思科蓝公众号的感谢,感谢他们以公正的态度与我们进行科学的沟通,并刊登这篇澄清,让大家可以更好地对学术问题进行实质性讨论。


    最后,祝贵刊越办越好,为科研工作者创建更广阔的交流空间!



编者按:


    崔隽教授希望通过此事件号召科研工作者共同维护求真务实的良性科学讨论氛围。科学论文可以质疑,科学也是在不断质疑-讨论-再质疑中不断发展进步的。

    编辑部感谢崔隽教授对于科学问题耐心、详细、积极的回应,并对奋斗在一线的科研工作者报以最大的敬意!


版权声明:本文素材来源崔隽教授,如需转载,请后台联系编辑部,未经授权,禁止转载。

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