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中国科学家发现新冠病毒导致肝损伤的可能原因
2020-02-0634

一篇由复旦大学附属中山医院肝癌研究所等机构合作完成,该论文表明SARS和2019-nCoV患者的肝异常可能不是由于肝细胞损伤,而是胆管细胞功能障碍和其他原因,例如药物诱导的和全身性炎症反应引起的肝损伤。这项研究结果表明,2019-nCoV患者应在住院期间和初愈后进行肝功能异常的专门护理。


5篇论文主要内容如下:

 

中国科学家发现2019-nCoV导致肝损伤的可能原因

 

自2019年12月以来,新鉴定出的冠状病毒2019-nCoV已对公共卫生构成重大威胁。ACE2是严重急性呼吸系统综合症冠状病毒(SARS)的宿主细胞受体,最近已在介导2019-nCoV感染中得到证明。值得关注的是,除呼吸系统外,大量的SARS和2019-nCoV患者还表现出各种程度的肝损害迹象,其机制和意义尚未确定。

 

复旦大学附属中山医院肝癌研究所等机构的研究人员,使用两个独立队列的单细胞RNA-seq数据对健康肝脏组织中ACE2的细胞类型特异性表达进行了无偏差的评估,并鉴定到了胆管细胞中的特异性表达。结果表明,病毒可能直接与ACE2阳性胆管细胞结合,但不一定与肝细胞结合。该发现表明SARS和2019-nCoV患者的肝异常可能不是由于肝细胞损伤,而是胆管细胞功能障碍和其他原因,例如药物诱导的和全身性炎症反应引起的肝损伤。这项研究结果表明,2019-nCoV患者应在住院期间和初愈后进行肝功能异常的专门护理。

 

作者:Xiaoqiang Chai, Longfei Hu, Yan Zhang, Weiyu Han, Zhou Lu, Aiwu Ke, Jian Zhou, Guoming Shi, Nan Fang, Jia Fan, Jiabin Cai, Jue Fan, Fei Lan


相关论文信息:Specific ACE2 Expression in Cholangiocytes May Cause Liver Damage After 2019-nCoV Infection

DOI: 10.1101/2020.02.03.931766

 

根据SARS-CoV的免疫研究初步鉴定2019-nCoV的潜在疫苗目标

 

2020年初开始出现2019年新型冠状病毒(2019-nCoV)爆发。自从在中国武汉市首次报告该病例以来,2019-nCoV已传播到中国其他城市以及四大洲的多个国家。迫切需要更好地了解这种新型病毒并开发控制其传播的方法。

 

考虑到2019-nCoV与严重急性呼吸系统综合症冠状病毒(SARS-CoV)之间的高度遗传相似性,并利用SARS-CoV的现有免疫学研究,香港科技大学的研究人员探索了针对2019-nCoV的疫苗设计。通过在SARS-CoV免疫原性结构蛋白中筛选实验所确定的SARS-CoV来源B细胞和T细胞表位,研究人员鉴定了一组来自突刺(S)和核衣壳(N)(这些蛋白与2019-nCoV蛋白相似)的B细胞和T细胞表位。由于在可用的2019-nCoV序列中(截至2020年1月29日)未在这些已确定的表位中观察到突变,因此这些表位的免疫靶向可能会提供针对2019-nCoV的保护作用。对于T细胞表位,研究人员对相关的MHC等位基因进行了人群覆盖率分析,并提出了一组表位,据估计这些表位将在全球以及中国提供广泛的覆盖范围。这项发现提供了一组筛选表位,可帮助指导针对开发靶向2019-nCoV疫苗的实验工作。

 

作者:Syed Faraz Ahmed, Ahmed A. Quadeer, Matthew R. McKay


相关论文信息:Preliminary identification of potential vaccine targets for 2019-nCoV based on SARS-CoV immunological studies

DOI: 10.1101/2020.02.03.933226

 

基因组机器学习分析表明武汉2019-nCoV与蝙蝠β冠状病毒之间存在关联

 

截至2020年2月3日,2019年新型冠状病毒(2019-nCoV)传播到27个国家,死亡362人,确诊病例超过17000起。科学家们正在将2019-nCoV与臭名昭著的SARS冠状病毒爆发进行比较。在2002年11月至2003年7月期间,SARS在全球导致8098例确诊病例,死亡率为9.6%,死亡774人。仅中国大陆就有349人死亡,5327例确诊病例。尽管截至2月3日的2019-nCoV死亡率为2.2%,但在几周内(2019年12月8日至2020年2月3日)的174895例确诊病例令人震惊。鉴于潜伏期较长,因此病例报告可能会被漏报。此类暴发需要快速阐明和分析病毒基因组序列,以便及时制定治疗计划。

 

加拿大韦仕敦大学等机构的研究人员使用MLDSP和MLDSP-GUI对2019-nCoV进行了分类,这是使用机器学习(ML)和数字信号处理(DSP)进行基因组分析的免比对方法。使用二维数值表示(混沌博弈表示)将基因组序列映射到其各自的基因组信号(离散数值序列)中。通过对基因组信号应用离散傅里叶变换来计算幅度谱。皮尔逊相关系数用于计算成对距离矩阵。利用距离矩阵构造特征向量,并将其用作监督机器学习算法的输入。应用10倍交叉验证来计算平均分类准确性得分。经训练的分类器模型用于预测29个2019-nCoV序列的标签。分类策略使用了5000多个基因组,并在域到种的分类学水平上测试了关联。通过使用MLDSP-GUI的基于机器学习的无比对分析,研究人员证实了蝙蝠起源的当前假说,并将2019-nCoV分类为β冠状病毒中的Sarbecovirus。

 

作者:Gurjit S Randhawa, Maximillian P.M. Soltysiak, Hadi El Roz, Camila P.E. de Souza, Kathleen A. Hill, Lila Kari


相关论文信息:Machine learning-based analysis of genomes suggests associations between Wuhan 2019-nCoV and bat Betacoronaviruses

DOI: 10.1101/2020.02.03.932350

 

2019-nCoV药物的机器智能设计

 

武汉冠状病毒,也被称为2019-nCoV,是一种新近出现的病毒,已感染了9692多人,截止到2020年1月30日导致213多人死亡。目前,尚无针对这种流行病的有效治疗方法。然而,众所周知,冠状病毒的病毒蛋白酶对其复制必不可少,因此是有效的药物靶标。幸运的是,2019-nCoV蛋白酶和严重急性呼吸系统综合症病毒(SARS-CoV)的序列同一性高达96.1%。

 

美国密歇根州立大学的研究人员发现2019-nCoV和SARS-CoV的蛋白酶抑制剂结合位点几乎相同,这意味着所有潜在的抗SARS-CoV化学疗法也是潜在的2019-nCoV药物。研究人员报告了一类由机器智能生成网络复合体(GNC)产生的潜在2019-nCoV药物家族。还分析了一些现有的HIV药物治疗2019-nCoV的潜在有效性。

 

作者:Duc Duy Nguyen, Kaifu Gao, Rui Wang, Guowei Wei


相关论文信息:Machine intelligence design of 2019-nCoV drugs

DOI: 10.1101/2020.01.30.927889

 

2019-nCoV冠状病毒的系统生物学分析

 

最近出现的新型冠状病毒(2019-nCov)引起了全球关注。为了了解这种病毒的进化起源和分子特征,全球科学界在最近几周内发布了完整的基因组序列。

 

利用当前可用的所有基因组信息,意大利博洛尼亚大学的研究人员构建了系统发育树,其中包括其他冠状病毒科的代表,例如蝙蝠冠状病毒(BCoV)和SARS。 研究人员鉴定了特定的BCoV基因组,这些基因组似乎相对于新病毒最接近,蛋白质序列同一性为91.1%,为2019-nCoV的人畜共患病起源提供了进一步的证据。尽管存在一些高变基因组热点,但研究人员到目前为止还检测到了可用2019-nCoV标本中的低变异性。最后,研究人员将2019-nCoV与其他冠状病毒科进行了完整的蛋白质组学比较,确定了关键的氨基酸差异,从而可用于建立抗病毒策略的模型。

 

作者:Carmine Ceraolo, Federico M Giorgi


相关论文信息:Phylogenomic analysis of the 2019-nCoV coronavirus

DOI: 10.1101/2020.02.02.931162


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